1956年8月，我校一附院（当年省工人医院）关哲昭和史国藩加入农工民主党。1957年1月，与脑科医院和职业病防治所联合成立支部，当时有党员7人。1983年4月，南京医学院农工支部恢复活动，党员发展至28人。关哲昭任主任委员，陆介芳为副主任委员。1994年，二附院农工支部改选，蒋光裕任主任，单承敏和缪珩任副主任。1997年1月，农工校本部支部成立，成员12人，管晓虹任主任委员。
1998年12月7日，由农工党南医大支部，省人民医院支部和二附院支部联合成立南京医科大学总支委员会，朱文元任总支主任，管晓虹、缪珩为副主任。
2002年，在校总支委员会基础上成立了农工南医大基层委员会，主任委员管晓虹，副主任王水和缪珩。目前，我校共有农工党员114人。
基层委员会积极发动成员参政议政，经常开展义诊，送医送药下乡等社会活动，并不断加强自身建设，注重发展有代表性的旗帜性人物入党。