即将推进的新一轮医药卫生体制改革需要贯彻政府主导原则，实行较大力度的投入。多年来的实践表明，卫生投入问题，核心不在于突破，而在于落实。建议建立国家卫生投入分担机制和督导机制。
医疗卫生机构运行中最突出的问题，是经济运行机制不良，或者说缺乏维护和落实医疗卫生公益性的经济政策与机制。现在，医疗机构经济运行靠财政补助、药品差价收入、医疗服务收入三块来支撑。从江苏的情况看，2008年全省医疗机构总收入583.73亿元，总支出568.02亿元。在财政补助方面，全省医疗机构总收入中财政补助35.28亿元，占6.04%。多数医院的财政投入不够支付离退休人员的工资，不少医院的财政投入甚至为零。在医疗服务收入方面，全省医院医疗收入257.58亿元，占总收入的44.12%，医疗总支出314.67亿元，亏损57.09亿元。从药品差价收入看，全省医院药品收支结余43.70亿元（收入276.61亿元、支出232.91亿元），药品收入占医院总收入的47.38%。投入不足、补偿机制不完善，生存发展主要靠创收，直接导致公立医疗机构公益性质淡化，特别是“以药补医”机制扭曲了医疗服务行为。这笔帐，近3年内格局没有大的变化。不仅大医院是这样的运行机制，基层卫生机构实际也是这样的运行机制。不仅医院是这样的机制，甚至公共卫生机构很大程度上也要靠创收来维持运行发展。
卫生改革发展中也有公平与效率问题。这次医药卫生体制改革重点是要解决公平问题，让人人享有基本医疗卫生服务。改革的一个实质内容是“以投入换机制”，即以增加政府投入、调整医疗服务价格、取消“以药补医”机制和“创收”机制，来转换医疗卫生单位的运行机制。改革需要的政府投入很大，而目前受世界金融危机的影响，各级地方财政增收压力不小，改革面临的困难也将是很大的。
之前公布的医药卫生体制改革意见（征求意见稿），明确了政府在提供公共卫生和基本医疗服务中的主导地位，提出了对不同类型的医疗卫生机构的投入补助政策。这些政策与1996年全国卫生工作会议后明确的政策，以及2000年推动城镇医药卫生体制改革时明确的政策，是一脉相承的。十多年来的实践证明，这些政策如果不进一步加以细化、加以刚性、加以问责，最终都难以落实。
建议：
1、细分政府责任。现在各级政府的卫生投入责任不够明确，政府高层级往往是“适当补助”，基层政府如果财力不济或意愿不强，工作就办不了或办不到位。建议对公共卫生和基本医疗服务领域的投入，按照财权与事权相匹配的原则，细化中央和地方各级政府的投入责任，可采取“分项目、按比例”的办法，建立各级政府之间的分担机制，不能笼统地提“增加投入”、“适当补助”。
2、量化投入要求。目前的基调是政府卫生投入增长幅度要高于经常性财政支出的增长幅度，使政府卫生投入占经常性财政支出的比重逐步提高。对照卫生总费用中政府投入偏低的现实状况和世界趋势，应提出具体要求，可明确基数或比例或增长百分点。其他较具体的投入政策也需要尽可能量化。
3、建立督查机制。在新一轮改革中，应明确建立卫生督导机制，实行经常性的督查、考核、评估，并将政府卫生投入情况作为督导的重点，促进工作落实。这样才能顺利推进改革，才能让群众得到更多的实惠。