公立医院是我国医疗服务的主要提供者，是政府实现医疗服务公益性和保障公民健康责任的重要载体。公立医院的服务能力和服务质量是国家卫生保障体系的中流砥柱和标志。
公立医院，特别是省、市级大型公立医院除了承担大量直接医疗服务外，还有应对突发性卫生事件的义务和责任；承担中央政府和地方政府下达的经常性援外、支边的任务；对下级医院的各种会诊、接受疑难病症的抢救责任等。此外，公立医院为了保障自身的技术水平的不断提高，还有人员培训、师资培养、出国医学交流、医学应用研究或医学基础研究等等。所有这些，都需要充足的资金支持。
按照国家《关于公立医院改革试点的指导意见》的规定，“逐步取消药品加成政策，对公立医院由此而减少的合理收入，采取增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准等措施，通过医疗保障基金支付和增加政府投入等途径予以补偿。”实际上，全国各公立医院，药品加成所得收入均占医院收入的40-50%左右，而各级财政对公立医院的补助普遍低于10%。近年来，药品价格不断下降，各公立医院又都按照卫生部的要求，不断主动降低收入的“药占比”，使得医院的实际收入不断降低。
当前的医疗服务价格已经多年不变，很难体现医务工作者的劳动价值。《关于公立医院改革试点的指导意见》中关于“采取增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准等措施，通过医疗保障基金支付和增加政府投入等途径予以补偿。”，在实际上并未有效落实。当前实际存在的重要问题是，公立医院的补偿机制仍然在探索之中，没有形成清晰的政策和操作办法，这已经成为影响公立医院可持续发展的核心问题。
为进一步完善公立医院补偿机制，建议如下：
1，大幅提高对公立医院的直接补偿。
（1）每年各级财政部门应把对公立医院的补偿款纳入财政预算，按新的公立医院运转机制测算的实际缺口逐步补偿到位，并把其作为硬性指标，确定其应占政府财政预算的比例，同时实现逐年增长，一般不应低于GDP增长速度。
（2）对公立医院的直接补偿应包括：各级政府应承担医疗机构在临床服务过程中因公益性项目如急诊急救、无主病人救治、传染性报告及相应的检测和相应支出、突发公共卫生事件救治等引起的政策性亏损等，按照核定的服务项目经费全额支付，并切实及时到位。对公立医院的直接补偿应包括对公立医院职工社会保障经费的投入，包括在职人员的养老、失业、医疗、工伤和生育保险的缴费部分。对公立医院的离、退休人员费用等均应全额支付。
2，加快支付方式的改革。
支付方式是医院获得补偿的重要途径，直接影响医院管理与运营模式、患者就医行为和政府投入或社会筹资方式，在很大程度上决定着资源的使用效率和效益。
目前的“按项目付费”、“按定额收费”（根据医院为病人提供门诊、住院服务次数以均次费用付费），“按人头付费”、“项目专项经费”等等低层次的管理办法，既不科学，助长了各种不正之风，又大量浪费医疗资源，使我国本来就不宽裕的医疗经费更显不足。
建议尽快通过试点实行符合我国国情的按病种拨付的办法（DRGs， Diagnosis Related Groups System），尽快规范医疗行为，节约医疗资源，让百姓充分享受“医改”和改革开放带来的的实惠。
按病种拨付的办法（DRGs）是按不同疾病复杂程度，依照其临床路径要求所应达到的质量标准和发生的费用的社会平均标准进行付费，既体现了对复杂程度相近的疾病费用的控制，也激励医务工作者更好的进行医院管理和不断提高适用医疗技术水平，我国在医疗费用的支出将更具有科学性。
3，尽快建立与支付方式相关联的监管体系。
任何补偿机制或支付方式的有效实施，都需要有完整的监管体系。这对于公立医院或其他非营利医疗机构在公平环境下竞争，促进医院服务能力和管理水平提高至关重要。
建议在政府主导下，以区域或省市为中心建立标准统一的完整的监管体系，费用要监管到不同病种和疑难程度，对象要监管到各个医疗机构以及医生，并择机实行年度公示，以激励先进，惩戒落后。
各医疗单位的信息化的水平应该在政府的统一要求下，在较短时间使医院各项信息符合监管的要求。1994年本人在澳大利亚就目睹了公立医院所有医疗数据与政府数据库之间实时联网的实例。
4，政府卫生主管部门要建立“年度白皮书制度”。
国家卫生部、各省卫生厅要逐步建立“年度白皮书制度”，公示各级政府、行业、医疗机构履行职责情况。例如，政府的各项补偿是否到位、医院管理是否达标、监管是否得力等，以促进医疗工作的持续改进与提高，确保公立医院改革的成功。
5，建立多方筹资或运营机制，补充公立医院的经费不足。
从世界各国公立医院的管理模式来看，过份依赖政府的拨款，并不利于公立医院的可持续发展。美国、台湾、新加坡的公立医院都有相当比例的收入来自医疗以外的其它收入。特别是美国，这部分的收入大约占总收入的30-40%。
建议在有效监管的前提下，经过试点，适度放开医院除基本医疗之外的与健康产业相关的经营，以补充医院的投入。