近十多年我国的医学教育工作已有长足进步和发展，培养了大量的医师、护士和相关领域的工作人员和科研技术人员，为新时期的医疗卫生工作、生命科学的研究工作做出了很大贡献，应予充分的肯定。但也逐渐暴露了一些问题，这些问题有的涉及到医学教育本身的模式、方法，甚至体制上的缺陷，有的还与整个教育体制的架构和培养方式相关联。这些问题概括地来说有：
1． 医学教育的投入严重不足。我国的教育经费总体上讲仍是不足的，今年才有可能达到GDP的4%，这大致上相当于联合国建议发展中国家的基本开支。医学教育的经费就更少了。我国重点大学仅占全国高校的10%，而占有的教育经费用却高达全国高教经费的80%～90%，在这些大学中的医学专业所得到的经费，通常都会大大少于理科、工科的经费，因为医学专业不大可能成为这些大学的主要品牌。而非重点的高校，其数量占全国高校数量的90%，而经费只占全国教育经费总额的10%～20%，在这些高校中设置的医学专业的经费就更少了。现在仍独立建制的医学院校，几乎都是非重点的普通高校，经费缺口大，是一个普遍现象，不得不通过扩大招生规模，建“民办学院”等方法筹措资金，这又反过来增加教育工作的困难，形成一种不良的循环。
2． 医学生的基础素质在下降。具体表现在高校医学类入学分数逐渐呈降低趋势，这意味着进入医学专业，包括培养医师的临床医学专业的进入门槛在降低。国际上通常鼓励最优秀的青年学生报考医学专业，这也是该专业本身性质所要求的，他们未来的工作是“健康所系，生命所托”的。由于目前复杂的医患关系，以及医师的社会评价和社会地位不高，许多年轻的考生不愿意报考医学专业。医师的待遇不高，也是一个重要原因。
3．医师的培养体制思路不够清晰，路径不合理。临床医学本科后可再读3年的临床硕士学位，毕业后可成为主治医师，也可以再继续读3年临床博士学位，毕业后可以申请副主任医师。在本科期间主要是理论学习，临床实践的时间短。在硕士和博士学位学习期间往往注重研究工作，以发表论文为主要目的。如果读的是科学型的硕士和博士学位，由于论文要求高（须刊载于SCI杂志上），且有数量要求，往往只能专注于基础研究和动物实验，更无时间接触临床和接触病人。然而，多年的经验告诉我们，临床医学基本上是经验性的，医师的培养和提高主要依靠工作实践中经验的积累。光读书不可能成为一个好的医师。同时，多年经验也表明，医学生毕业后起初十年极其重要，这是打基础的阶段，随后的十年则是继续提高的十年。一个医学生仅花6年时间拿到博士学位，并获得相当于副主任医师的医疗职称，却并无实际上的工作经验。如果此时再出国学习2～3年，则前十年几乎全部都在学习中度过，缺少医疗经验的积累。此时年资已高，职称也高，就很难再做基本的医疗工作，也不可能像住院医师那样在临床第一线工作，则第二个10年也很难提高。
4. 医学院校及其所隶属的大学均归教育部管理，而医师的培养主要归口在卫生部。两者之间协调沟通均存在问题，这对于医学教育工作也是一个隐患，这种不协调状况多年来一直受到质疑，却并无根本上的改观。为此，我们建议：
（1）国家应进一步增加医学教育的经费投入，而且应与GDP增幅相同步。
（2）医学教育的经费在教育经费中应单列，以保证综合性大学中的医学院和医学专业的经费与同校的主要专业相当或略高，也要保证独立设置的医学院校有较充足的经费。医学生培养的特点决定了医学教育经费不能短缺。不称职的医学生进入社会将对医疗工作和人民的健康造成隐患。
（3）教育部和卫生部应联手对目前医学教育的现状和未来发展前景进行充分的研讨，还可组织这两方面的专家学者参加讨论，集思广益，调整医学教育的体制、培养模式和方法，理顺从本科-硕士-博士-博士后这一体系，理顺临床硕士-临床博士学位和科学型硕士-博士学位这两种毕业后教育的关係，还要理顺医院的住院医师、专科医师培养与大学硕、博士培养这两种体系(均属于毕业后教育范畴)的关係，从而形成既能与国外的医学教育体制相近，又具有中国特色，适合我国国情和未来发展需要的医学教育体制和体系。
（4）应该坚定不移地把培养合格的医师作为医学教育的出发点和立足点，坚持实践第一的观点。根据目前我国的现状，临床硕士学位培养可以与住院医师规范化培养相结合，临床医学专科医师培养可以与临床博士学位教育结合。这样做有利于鼓励年青医师投身临床实践，也有利于医学院校和医院(主要为大医院、附属医院)在年青医师培养上有分工，又有合作，各尽所能，各司其职。