根据国家2009年底的统计，我国城镇基本医疗参保达3.9亿人，新农合参合达8.15亿人，基本医疗覆盖面惠及12.05亿人。
基本医疗制度在为广大人民群众提供基本医疗保障的同时，由于自身管理条块分割的现状，给患者就医和医疗机构的医疗工作带来诸多不便。
以江苏省南京例，省人保厅下辖省医保中心、市人保局下辖南京市医保中心，“三区两县”的医保中心分区域管理，共计7个医保结算中心；特约医疗分为省卫生厅所辖的省特约、市卫生局所辖的市特约和11个区卫生局公费办所辖的区特约共计13个。
南京市郊县的新型农村合作医疗由市县卫生局的农卫处（科）下设的“农合办”管辖。
根据省委省政府的要求，2009年江苏启动省内异地医保联网结算，以解决参保患者跨地区就诊时看病难、报销烦的问题。省内的新农合也将在2010年启动省内异地联网结算，实现参合人员异地就诊时医疗费用的即时结报，以减轻农民看病的负担。如此算来，江苏省内各市县区的医保中心和农合办共计近200家，且各地各种基本医疗的医疗待遇、诊疗项目范围和报销比例各有不同，给医疗机构的工作带来诸多问题。
一、对医院工作的影响
1、诊疗项目、医用材料报销比例以及药品目录多样，无统一标准，医护人员执行困难，易引发医患在知情同意和费用上的矛盾；
2、不同医疗保障待遇导致部分患者心理不平衡，同时也影响医护人员公平对待患者的心态，这种社会矛盾加剧了医患关系的紧张程度；
3、诊疗标准多样化给医院的信息系统带来沉重的负担，多种身份的操作界面、多种标准的项目库、诊疗库和药品库使得具体工作人员操作烦琐，维护困难，影响医疗工作效率；同时，由于经费管理机构联网结算的软件开发各行其道，医院的信息信息系统要应对不同的接口、增加服务器、开通电缆连接线，编程、测试、维护等工作量繁重，直接增加了医院的运行成本；
4、信息系统的沉重负担必定导致系统风险的提升，任何一个结算单位发生计算机或网线故障，必然引起医疗秩序的混乱，结算单位越多，风险亦越大，医患之间的各种矛盾最终在医院爆发，所有工作人员倍感压力；
5、部分结算单位制定的结算标准偏低，可能影响新技术的应用，制约医学进步；
6、物价与医保不连动，导致医院在具体诊疗项目的执行上两头为难；
7、结算单位众多，南京的三甲医院一般都有十几家结算单位，有省属的，市属的，区属的。按医疗待遇划分，有数十种不同的待遇。
8、由于各管理机构的医疗费支付滞后，医院垫付资金增加，对医院的资金周转影响增大，医院与医保管理机构以及药品、设备和医用材料供应商之间的结算均有不同程度的拖欠现象。
二、社会影响
1、由于筹资途径、征缴标准以及财政补贴额度的不同，各类医疗待遇有悬殊，导致医疗资源分配的不公，影响医疗保障的公平性。
2、基本医疗的多头管理、条块分割导致机构冗员，造成社会成本的的浪费，重复建设、重复浪费额情况时有发生。以网络信息技术为例，各管理机构的信息化程度不一，有的可以在本地区医、保之间联网结算，有的还处于人工结算。已实现信息化管理的机构各自开发自己的网络信息平台，开发成本、硬件配置和电讯网络配套系统以及维护成本费用较大，且管理机构之间不能兼容共享，管理运行效率取决于医保覆盖面的大小，这部分费用不同程度地占用了政府对医疗的投入资金。
三、建议
1、建立统一的基本医疗保险制度，实现公费医疗、特约医疗、城镇医保和新农合的趋同，让人人享受平等的医疗保险待遇，特殊情况可放在基本医疗保险后台处理；
2、现行阶段应由政府相关部门牵头，各管理机构达成共识，统一诊疗标准，可以在报销比例上做调整，但诊疗项目库、医材库和药品库的范围应当一致，便于临床操作，让医院和医护人员把更多的时间和精力放在医疗工作上；
3、打破基本医疗条块分割的现状，加快基本医疗管理机构的整合，建议采取属地管理原则，每个行政区域归口一个基本医疗管理机构，提高工作效率，管理降低运行成本，让基本医疗制度回归医疗保障的本位。