近年来，南京医科大学着力构建研究生教育质量保障体系，改革“选拔关”，夯实“培养关”，“严把毕业关”，努力提升研究生培养质量。
改革“选拔关”。遵循医学教育规律，建立更加符合临床实践要求、科学有效的考试招生机制，实现临床医学类专业学位与医学学术学位分类选拔。在全省率先推行临床医学专业学位硕士研究生复试第一阶段考试-客观结构化临床考试全覆盖。全面施行博士研究生“申请—考核”制，充分发挥导师在人才选拔中的主体作用。招生质量稳步提升，多次荣获江苏省高校研究生招生优秀单位。
夯实“培养关”。加强研究生导师队伍建设，召开导师培训会，对导师的选聘与上岗、研究生的教育与管理等给予培训与指导。加强临床实践教育。作为全国试点，率先推进临床医学、口腔医学专业学位研究生教育与江苏省住院医师规范化培训双向接轨。加强课程体系建设。牵头组建全国医科院校研究生院联盟，共建小规模限制性在线课程。积极促进研究生教育国际学术交流和科研合作。通过举办中外研究生科技论坛、“医药与信息科技”创新发展论坛等学术会议，拓宽研究生学术视野，提升教育国际化水平。研究生多次在国际大赛中获奖，博士生受邀参加第68届诺贝尔奖获得者大会。
严把“毕业关”。强化学位论文抽查审核和用人单位满意度调查。制定学位论文抽检管理暂行办法。实行论文双盲评审抽检制度，论文抽检或评阅通过者才可以申请答辩；组建临床技能考核小组对毕业生进行毕业技能考核。对论文、技能考核不合格者，不予颁发毕业证书。开展用人单位满意度调查，为全面改善研究生培养过程和提高研究生培养质量提供依据。