近年来，南京医科大学大力开展临床提升战略，通过实施临床医学人才培养模式改革、人才高峰战略、高水平科研协同创新平台建设等举措，着力推进以医教协同、科教协同、资源协同、干部队伍建设协同、文化协同等为核心的校院一体化融合发展。
学校实施临床医学人才培养模式改革。以专业认证和内部评估为抓手，努力推进“5+3+X”一体化人才培养模式改革；着力强化临床教学管理，建立考核评估激励机制，将教学工作考核与职称晋升、绩效考核直接挂钩；坚持每年一度校领导带队的临床教学点考核巡视工作，做好考核的标准化、制度化和常规化。
学校实施“临床人才高峰”建设工程，校院联动，校院互聘共聘，扩大学校人才工程的辐射面。同时加大对临床引进人才的支持力度，探索与附属医院联合引进人才，工作业绩和教学系列职务评聘由学校统一管理和考核，津贴和奖励由附属医院发放。
围绕校院协同、院院协同，学校和附属医院依托市场化运作模式共建一批共性的功能技术平台、实验动物和大型设备公用平台。理顺基础与临床前后期学科发展脉络，整合资源，做实转化医学平台和科研支撑平台，构建基础-临床转化医学平台。
临床提升战略的实施，使得学校学科建设和人才培养取得长足进步。7个学科进入ESI学科排名全球前1%；临床执业医师理论考试通过率逐年攀升，2016年达到了93.53%，综合排名在全国159所高校中列第10位，史仲珣同学获得全国临床执业医师考试最高分。附属医院综合实力和临床核心竞争也稳步提升，在刚刚公布的2017中国医院科技影响力综合排行榜中，第一附属医院强力挺进全国十强，普通外科病学列全国第2位，创历史新高。