南京医科大学坚持“建设高质量教育体系”为指引，全面推进教育教学理念、专业内涵、培养模式、发展机制、资源建设改革，以“五强化五提升”，打造一流本科专业群，构建新医科人才培养高层次专业体系。
强化思想政治引领，提升本科专业立德树人的定力。学校制定《南京医科大学关于深化“三全育人”综合改革的实施意见》《南京医科大学思想政治工作质量提升工程实施方案》，并做好理论与实践同向同行。
强化专业综合改革，提升本科专业人才培养的能力。学校对标国家政策，加强专业内涵建设，调整新增智能医学工程等10个本科专业。目前18个专业获批国家级一流本科专业建设点、2个专业获批省级一流本科专业建设点，已初步建成国家级一流专业、国家级特色专业、省级重点专业、省级一流专业相互支撑的高水平专业群。
强化本科核心地位，提升本科专业教育教学的合力。学校修订完成新一轮全日制本科人才培养方案。明确树立“以学生为中心、结果导向、持续改进”的教育教学理念；坚持“名医名师”为本科生授课，加强过程性评价，全面推进“四个回归”，即回归常识、回归本分、回归初心、回归梦想；以天元班等为引领，以点带面实施教学改革。
强化教师发展激励，提升本科专业教书育人的动力。学校完善教师培训常态化制度，优化教师发展激励机制。同步开展常规教学培训和专项培训，累计培训4900余人次。
强化医教协同，提升本科专业临床教学的实力。学校不断完善医教协同育人机制，提升实践教学基地育人水平。目前已建有国家级大学生校外实践教育基地1个、国家临床教学培训示范中心1个、国家级实验教学中心3个。开展附属医院、临床医学院和教学医院认证工作，目前已有30余家医院通过认证。