南京医科大学全面贯彻落实党中央、国务院决策部署，认真落实全国教育系统疫情防控工作视频调度会议精神和省教育厅关于高等学校秋季开学的总体安排，进一步强化“窗口意识”，加大“外防输入、内防反弹”工作力度，统筹做好学校疫情防控和2021年秋季学期开学工作。
组织动员到位。成立了开学返校工作领导小组及专班，下设工作组，做到分工明确、组织有序，切实加强学校对开学返校工作的统一领导、有序组织和科学管理。制定《开学返校工作总体方案》，以最坚决的态度、最迅速的行动、最果断的措施做好各项疫情防控和开学返校工作，切实做到守土有责、守土负责、守土尽责。多次召开秋季开学工作研判会和秋季开学筹备专题工作会议。校领导多次实地指导开学返校工作，全力实现疫情防控和事业发展“两手抓、两手硬、两战赢”。
落实部署到位。学校按照“防控第一，安全至上；科学研判，能开则开；分类指导，联防联控；强化责任，常态长效”的原则，严格落实错时错峰错区域、分批分类分层次返校要求，对开学返校期间的核酸检测、校园管理、人员进出、请假制度等具体工作强化落实到位做好疫情期间的学生管理。同时加强疫情防控能力建设自查工作，做到物资保障到位、消杀检测到位、督查指导到位。举行疫情防控突发情况应急处置演练，强化疫情防控知识学习和技能培训，切实提升疫情防控实战处置能力。
责任担当到位。学校发挥专业优势，进一步彰显医学院校特色与担当。在江苏省教育厅指导下，制作《高校新冠肺炎疫情防控秋季开学指引》视频，从返校条件、返校注意事项、学校返校准备、返校时注意事项、校园生活注意事项、异常情况处理等六个方面，全方位介绍了高校秋季开学返校报到工作，为疫情防控下的全省高校秋季开学返校报到及突发情况应急处置提供工作借鉴、技术参考。