近年来，南京医科大学创新人才培养机制，持续推进本科教育振兴计划，紧扣“兴趣”“引导”与“互动”，积极构建“混合式教学”新模式下的选修课程体系。
五育并举，加强通识教育。学校深入落实立德树人根本任务，强化价值引领，推动“五育并举”，打造了一批教学效果好、具有学校特色、长期稳定开设的高质量通识教育选修课程。在已开设的150余门选修课程中，涵盖了医学教育、创新创业、四史文化、心理健康、艺体审美、劳动教育等6类课程。在日常培养中，突出德育时代性、强化综合素质培养、拓宽综合实践渠道、完善综合素质评价，促进个体德智体美劳完整、全面、丰富的发展。
提前养成，加强临床实践。学校在低年级学生中开设早期临床接触课程，邀请临床专家、一线医护教师通过热点话题、趣味互动等形式，引导学生在专业知识与临床实践技能的衔接、角色的转变、方法的养成方面顺利转型。多门特色课程结合大学生生理、心理健康教育，逐步延伸至各专科医学知识、操作技能领域，获得良好效果。
学科融合，推进教学改革。学校将选修课程改革作为医学教育改革学科融合育人的前沿阵地。以学生为中心，广泛运用教改成果，融入医学人文元素、思政教育元素，践行社会主义核心价值观，强化职业道德教育。通过选修课程案例设计，课程项目化运行，实现跨专业团队合作，促进各学科的交叉融合。