近年来，南京医科大学始终坚持把科技创新摆重要位置，以“四个面向”为根本遵循，聚焦重大民生问题，加大对基础问题与关键问题的科研攻坚力度，努力实现高水平科技自立自强，让创新成为学校高质量发展的强大引擎。
应国之需，顺势而为。学校围绕国家重大战略需求，加快科技自立自强步伐，推进关键核心技术攻关，取得了一系列开创性研究成果，比如绘制了中国人群高发特发恶性肿瘤遗传学图谱，在心血管疾病调控靶点的发现、新技术新药物研发应用方面取得突破性进展，在服务和融入新发展格局中，贡献科技创新的支撑引领力量。同时，坚持以全球视野谋划推动科技创新，抢占基础研究制高点，促进基础与应用相结合，围绕重大前瞻性医学问题和行业产业“卡脖子”技术问题，在多个领域实现并跑、领跑。
高质发展，乘势而上。学校坚持“破五唯”，建立了以品德和能力为导向的人才评价体系，构建支持全面创新的教育生态。人才梯队建设尤其是中青年科研骨干的梯队建设展现出蓬勃的动能和生机。大力推动校院、校地、校企合作，重视学科交叉融合创新，以科技工作支撑学科建设，反哺人才培养，点燃高质量发展新引擎。除此之外，积极推动医教协同、科教融合，着重培养创新型、复合型、应用型人才，激发师生迈向科技创新之路、投身服务百姓健康的内在动力。
生命至上，迎势而战。学校科技工作者以科技创新引领卫生健康事业高质量发展，做守护人民健康的苍生大医。“心佑工程”团队先后赴新疆、青海、西藏、贵州、陕西、安徽、苏北等地，对家境贫困的先心病患儿免费开展救治，获批教育部“全国省属高校精准扶贫精准脱贫典型项目”。新冠肺炎疫情爆发以来，学校附属医院派出600余名医护人员驰援武汉。同时依托公共卫生与预防医学A+学科优势，整合多学科力量，在病例研究、抗体研发、预测模型、科普宣传、建言献策，临床手术等方面贡献南医智慧，打出了南医科技抗疫的组合拳。