南京医科大学围绕立德树人根本任务，聚焦青春领航、固本强基、实践聚力和高质量建功四大特色方向，在深化改革中不断提升团的引领力、组织力、服务力和大局贡献度，打造共青团特色育人体系，校团委荣获2021年度“全省共青团工作先进单位”。
一是青春领航，提升引领力。举办“青年马克思主义者培养工程”春季领航菁英班和秋季领航强基班；开展青年大学习，通过团干部培训、学习座谈、新思想公开课等，强化团学骨干思想政治教育。以庆祝建党百年作为主线，组织 “学党史、强信念、跟党走”系列主题教育活动和“百名团员宣讲百年党史”活动，积极推进党史学习教育。同时，依托学校“医心逐梦”青年学习社，建立“医心青年说”思政平台，入选团省委“10100”创新创优工程，拓展了共青团育人新途径。
二是固本强基，提升组织力。树立基层导向，持续加强基层组织建设。深化团学组织改革，完成江苏高校共青团和学生会组织改革评价，成功召开第三十八次学生代表大会和第十二次研究生代表大会，精简组织机构、优化运行机制，推进从严治团。加强基层团组织建设，提升团组织活力。深化“党建带团建”，以“智慧团建”系统和团支部“评星定级”为抓手，推进“两清单一创争三落实”支部建设计划。规范学生社团工作，健全完善社团管理机制，支持学生社团健康有序发展。
三是实践聚力，提升服务力。围绕“永远跟党走，奋进新时代” “千村万户健康行”实践主题，组建584个团队、覆盖5197名学生，参与疫情防控志愿服务，参与健康宣传教育，用实际行动诠释热血实践，获得国家级优秀实践组织单位表彰1项（团中央），优秀报道团队1项，全国百强暑期实践团队1项。开展双创训练营、学海讲堂、本科生科研小组等加强普培普训，推进创新创业工作稳中有进，在第十七届“挑战杯”主体赛和专项赛中实现新的突破，捧得省赛优胜杯。
四是高质量建功，提升大局贡献度。结合专业特色，开展 “感恩志友”、关爱弱势群体、应急救护普及等志愿服务项目；发扬“博爱、奉献、人道”的红十字精神，落实“江苏百万大学生应急救护提升行动”，开展本科生全员应急救护培训，累计培训2465人。大力推进美育第二课堂建设，加强3个省级大学生艺术团和6个校级艺术团建设，拓宽艺术实践平台，美育成效不断彰显，在全国第六届大学生艺术展演中获4个全国一等奖，2个优秀创作奖。