南京医科大学高度重视大学生心理健康教育工作，以教育、辅导、咨询和危机干预为要点，采取“融合式、精准式、前置式”心理育人，建立了教育教学、实践活动、咨询服务、预防干预“四位一体”的心理健康教育工作格局。
融合式提升心理育人联动性。学校加强校内四级联动。成立了成立心理健康教育与研究中心和学院二级心理辅导站，实现领导小组—心理健康教育与研究中心—学院二级心理辅导站—班级心理委员的四级联动构架。加强学校与附院联动。鼓励附属医院心理医生参与学校心理健康教育与研究中心日常帮扶、教学科研管理等活动，形成具有医学特色的校院融合心理健康教育工作体系。同时加强各育人元素的融合。学校重视课程教学，开设必修课程4门和选修课程2门，将心理健康教育与体育、艺术、文化教育相融合，促进学生德智体美劳全面发展。
精准式增强心理育人针对性。学校印发《关于加强和改进心理健康教育的实施办法》，开展精准式心理育人。针对特殊学生群体，在重要时间节点（如新生入学、春季开学、秋季开学、心理健康日等），开展心理咨询动员、团体辅导等心理健康教育活动，构建以“3·20”心理周、“5·25”心理健康教育活动月和金秋心理季为抓手的全年心理健康教育宣传活动体系；按照分层分类原则进行精准式干预，针对已经出现或有潜在心理问题学生建立一生一档，确保一生一策，精准开展心理健康教育；同时在辅导员办公区设立独立共用的心理辅导室，保障了老师与学生私密交谈空间。
前置式发挥心理育人有效性。学校将心理教育关口前移，将心理健康教育融入到学生日常教育管理“十大育人”体系全过程中。依据心理健康教育与研究中心筛查数据，对存在潜在心理问题的学生分类管理，建立心理档案，做好预警，比如针对受情感困扰的学生，进行恋爱观教育；针对因成绩差产生心理问题的学生，进行学风教育和学业帮扶；针对家庭原因产生心理问题的学生，通过家访和家长观察员活动，开展家校互动。加强前置培训，开展仿真模拟培训，模拟实战环境，将专业人员培训与辅导员、学生骨干培训并重，一般心理辅导与心理危机干预并重，文化教育与心理教育并重，科学素养提高与行为方式养成并重，心理教育与科学研究并重，提升全员心理育人水平。