近年来，南京医科大学始终紧扣立德树人根本任务，深入推进辅导员队伍建设，持续增强大学生思想政治教育引领实效，涌现出一批综合素质突出的辅导员和青年学生，形成了良好的朋辈示范效应。
构建大思政工作队伍。出台《辅导员队伍建设管理办法（试行）》，明确专职辅导员的界定、选聘、培养、管理及考核激励机制。面向社会公开招聘专职辅导员、组织校内选聘党政管理人员转岗、安排 新入职教师担任学科研究生专职辅导员、聘请 退居二线调研员担任专职辅导员、探索直属附属医院设置专职辅导员等多种途径。辅导员实行学校和学院双重管理，积极探索辅导员本研一体化管理运行体制机制。学校每年进行辅导员工作考核，评选“南京医科大学最美辅导员”“南京医科大学辅导员年度人物”等。
强化工作业绩与育人实效导向。出台《学生思想政治教育系列专业技术职务评聘标准（试行）》，引导学生思想政治教育队伍立足岗位、开拓创新。在辅导员专业技术职务晋升中，对获得“全国最美辅导员”“全国辅导员年度人物”等省级以上党建思政、业务类荣誉称号和表彰奖励的老师，优先推荐进入“辅导员专业技术职务评审特别激励推荐通道。
大力拓展辅导员职业发展空间。制定《专职辅导员岗位设置与聘任实施细则（试行）》，设置辅导员职务四档十一级。辅导员一级岗享受天元青年学者待遇。按《学生思想政治教育教师专业技术职务评聘条件》评聘辅导员专业技术职务，并对应进入所在级别最低档。根据专业技术职务年限、考核结果、绩效表现设置晋升条件，对取得特殊业绩者可以越级晋升。设立辅导员队伍专项绩效，增强辅导员岗位吸引力，体现优绩优酬。